El Colegio de Propaganda Fide contaba con varias bibliotecas: la Librería Guadalupana, grande o común, la del noviciado y la de cada fraile. En total llegaron a reunir más de 30,000 volúmenes. Se exhiben más de 9000 libros que en su mayoría fueron adquiridos por los franciscanos en el periodo que siguió al enclaustramiento. El mayor número de sus ejemplares se encuentra en latín, español y otras lenguas europeas.

Fue costumbre dentro de los estatutos de la rama de franciscanos de Propaganda Fide, que los novicios se prepararan al menos seis años. Durante ese tiempo cursaban varias ciencias como filosofía, teología, física, cosmología y lenguas nativas. Los futuros misioneros leían entre otras cosas, primero libros litúrgicos y la Biblia, después textos teológicos y finalmente la vida de algunos santos. La librería o biblioteca se consideraba un lugar privilegiado en donde se resguardaba el conocimiento. La antigua librería, nombre con el que se designaba a las bibliotecas, comenzó a formarse gracias a fray Antonio Margil de Jesús, quien pidió la primer remesa de libros. 

Entre los ejemplares que se encuentran destacan la Biblia, el Concilio de Trento, el Concilio Provincial Mexicano, Mística Ciudad de Dios y La Ciudad de Dios. En cuanto a los temas el repertorio es variado, figuran: hagiografía, ascética, catequética, derecho canónico y otros temas religiosos, álgebra, geografía, física, filosofía, química, compendios de historia natural, atlas, moral, zoología, astronomía, gramática latina, historia de México, entre otros.

La construcción de la planta alta del claustro se ha fechado entre 1750 y 1774. En este piso se encontraban las aulas, el antecoro, la celda del guardián y la celda del campanero, aunque el uso de este espacio fue cambiando a lo largo de 105 años, conservándose únicamente la celda del campanero. Al igual que en la planta baja, la arcada estuvo originalmente abierta y los muros que actualmente han tapiado los arcos fueron levantados en la época en que el edificio se abrió al público como museo (1917), probablemente respondiendo a la inquietud de poder contar con mayores espacios para la exhibición de pinturas.

La reflexión sobre el sufrimiento y la muerte de Cristo fue ampliamente fomentada por la orden franciscana. Las pinturas de este claustro sirvieron para que los frailes y novicios reflexionaran sobre la Pasión, palabra derivada del latín flagrantia, que significa ardor o dolor. La serie consta de 29, desde la entrada triunfal de Jesús a Jerusalén (Domingo de Ramos) hasta su entierro. El pintor abarca el proceso del juicio de Cristo y plasma las 14 estaciones de la vía dolorosa o viacrucis.  

En cada lienzo se observan varias inscripciones, como un cartel con un comentario en verso dedicado a cada pasaje pasionario. Así también se puede observar en cuadro de esta serie, la abreviatura A dev. de (a devoción de) con el nombre de donantes que costearon la pintura; entre los cuales destacan clérigos de Durango, San Miguel el Grande o de Allende y vecinos (vez.nos) de la Villa de Guadalupe. Es probable que tales inscripciones se hayan añadido en el siglo XIX.

La palabra "claustro" viene del latin claustrum, que significa un espacio abierto al cielo y cerrado al mundo. Este claustro se hizo en devoción al fundador de la orden franciscana, San Francisco de Asís. Se ha determinado que este sitio fue construido en el lapso de 1750 a 1775, en su parte central se encuentra un patio y un aljibe terminado en 1881.

Cuenta con 26 óleos sobre tela, pintados ex profeso para este sitio, que retratan diferentes pasajes de la vida del santo y fueron un instrumento útil y pedagógico para enseñar cotidianamente a aquellos que moraban en el Colegio de Propaganda Fide de Guadalupe, Zacatecas. Este conjunto es de gran trascendencia, ya que por más de 250 años se ha conservado completo, existieron varias series en conventos novohispanos que presentan la vida de San Francisco, pero éste es el único en donde se conserva la serie completa y en su lugar original. Cada uno de los lienzos incluyen versos que explican el tema y al pie de cada escena se encuentra el nombre del benefactor que donó recursos para que se hicieran los cuadros. El artista retrata a san Francisco de Asís, no sólo como el fundador de una familia religiosa sino también como un modelo a seguir para los hombres y mujeres de su tiempo. Las imágenes narran hechos biográficos y algunos de sus milagros. 

La iconografía del claustro guarda un mensaje alegórico que invita a imitar a Cristo. Cada lienzo está impregnado por el espíritu barroco de la época y por composiciones abiertas que sugieren movimiento, haciendo que el espectador se sienta inmerso en los lienzos, convirtiéndolo en testigo de las hazañas de san Francisco de Asís.  

La obra pictórica forma un abanico de escenas existenciales franciscanas que manifiesta el ideal del fundador: la imitación de Cristo y de los apóstoles en un ambiente de perfección individual y de pobreza, sumado al vasto apostolado popular de salvar el alma de todos sean fieles o infieles sin descuidar en la tarea una estrecha obediencia a la Iglesia Católica.

Durante la época virreinal, las iglesias conventuales destinaban un espacio en la parte superior de la construcción para el coro, frente al altar mayor. En este sitio se reunía la comunidad de religiosos para entonar salmos, himnos y oraciones durante ciertas horas del día, conforme lo estipulaba la regla de la orden a la que pertenecían. Algunos de estos recintos, como el templo del Colegio de Guadalupe, tuvieron sillería tallada en madera cubierta de elementos relacionados con la devoción mariana. Entre cada silla se ubican esculturas de bulto de distintos santos. Al centro suele estar un facistol de madera en el que se colocaban grandes libros de coro con las diversas oraciones que eran cantadas por la comunidad. 

Se desconoce quiénes fueron los autores del magnífico conjunto de Guadalupe, sin embargo, por medio de las imágenes que se conservan en su lugar original, puede apreciarse la calidad de su talla y de su policromía. Entre los santos que aparecen representados, se distinguen algunos de los apóstoles con el instrumento de su martirio, intercalados entre símbolos marianos de la letanía. Destaca, al centro del conjunto, la escultura de san Francisco de Asís de tamaño natural. Esta imagen, a diferencia de las otras que están policromadas y estofadas, fue hecha para ser vestida y con un mecanismo que permite ponerla de pie o sentada, de acuerdo a como la requerían los frailes para sus diversas ceremonias. 

Visten los muros de este recinto, lienzos de gran formato con imágenes que aluden a las devociones franciscanas tales como san José y la lucha sostenida contra los herejes en una alegoría franciscana que se encuentra en el muro principal.

La construcción de la planta alta se ha fechado entre 1750 y 1774. Visten sus muros, monumentales lienzos realizados por los pintores más destacados del siglo XVIII, entre los que destacan Miguel Cabrera, José de Ibarra y Nicolás Rodríguez Juárez. Los tres monumentales cuadros de Cabrera y de José Ríos Arnáez fueron diseñados especialmente para este lugar. Este icónico espacio del Museo de Guadalupe muestra la grandiosidad del barroco mexicano.

El inmueble es el único de los antiguos Colegios de Propaganda Fide de los que hasta la fecha se conserva gran parte de su obra en su lugar original, muestra de ello es este magnífico espacio, así como el coro y los claustros alto y bajo.

El espacio conocido como portería sirvió de umbral al Colegio de Guadalupe y posiblemente se construyó después de 1775, fecha en la que se concluyeron los claustros de la Pasión de Cristo y de San Francisco, ya que entonces era común que el pórtico se alzara con respecto al crecimiento del edificio. En este espacio se encontraba el padre portero, quien tenía un papel muy importante pues era los ojos y oídos del padre guardián.

El portero se encargaba de notificar qué frailes salían del colegio y qué laicos en ocasiones entraban al mismo; así también comunicaba sobre los misioneros que, por distintas circunstancias, tenían que pernoctar en el colegio.

En la portería se encuentra el frontal de un altar neoclásico y las últimas investigaciones han arrojado la hipótesis de que durante la época de la Reforma entre 1856 y 1859, el colegio se fraccionó y una parte menor quedó bajo resguardo de los franciscanos, probablemente en aquella época ésta fue una pequeña capilla para el uso exclusivo de los padres. Cabe señalar los franciscanos cedieron al gobierno zacatecano en 1878 la portería, los claustros bajo y alto, así como el coro. El encargado de hacer la planta arquitectónica con dicha división fue el topógrafo Sixto Espinoza.

Aquí se aprecian los retratos de los fundadores del Colegio de Guadalupe, los frailes José Guerra, Antonio Margil y Pedro de la Concepción y Urtiaga.

El significado de devoción lo encontramos como: "Amor y veneración, fervor religioso, práctica piadosa no obligatoria. Inclinación, afición especial, costumbre devota y en general costumbre buena". Esta palabra definió a la sociedad que para el siglo XVIII estaba plenamente conformada en el territorio que actualmente ocupa México, entonces Nueva Espana. La mentalidad común giraba en torno a la salvación y al sacrificio, sin importar posición económica o raza.

Durante la epoca del Barroco se reafirmo aún más la devoción y el culto por los santos, por los pasajes bíblicos, por los íconos religiosos como modelos de vida. El fervor hacia cada uno de estos aspectos hace que la imaginación y la sensibilidad se alimenten de creencias, tradiciones y costumbres que hasta nuestros días prevalecen.

La cédula de fundación del Colegio de Guadalupe, fechada en 1704, menciona que las labores apostólicas se encaminaban principalmente a la provincia de Coahuila y también hacia tierras texanas. Dentro del Colegio generalmente habitaban alrededor de 30 religiosos, y los frailes que salían a evangelizar tenían que pasar al menos dos años preparándose dentro de este recinto.

Las primeras misiones las encabezó fray Antonio Margil de Jesús a orillas del Río Sabinas en Coahuila, pero la hostilidad de los indios impidió que éstas prosperaran. No obstante, el empeño de los frailes no se vio frenado; para 1716 habían levantado algunas misiones sobre los ríos San Antonio y Guadalupe en Texas, e incluso lograron ubicarse en los límites de los territorios franceses de la Luisiana. A finales del siglo XVIII fundaron también más de 14 pueblos en el Seno Mexicano (actual estado de Tamaulipas), se hicieron cargo de 15 de las misiones que dejaron los jesuitas en la Sierra Tarahumara, y arribaron a la Alta California. De tal forma, la labor de los colegiales de Guadalupe quedó plasmada en más de una treintena de fundaciones misionales, cubriendo así una gran parte de la  frontera norte en el periodo virreinal.

En los Colegios de Propaganda Fide se impartían tres cursos obligatorios: teología, artes o filosofía y gramática. Especial énfasis se le dio a los estudios teológicos, considerados indispensables para la formación de quienes evangelizarían a los infieles. Uno de los autores más estudiados fue un santo franciscano llamado san Buenaventura conocido también como el “Doctor Seráfico”, sobre todo por su libro Espejo de disciplina regular.

Por su importancia, el salón de teología debía ubicarse en el claustro, dentro del núcleo principal del Colegio; asimismo se colocó una “tribuna chica” para que los frailes enfermos o ancianos pudieran seguir los oficios religiosos sin bajar al templo.

En el mundo intelectual novohispano del siglo XVIII, los Colegios de Propaganda Fide, dedicados a la formación de misioneros, daban el mismo valor al estudio de la teología que al de la filosofía. Un lugar destacado entre los escritos de esa última materia lo ocupó el franciscano Juan Duns Escoto (1266-1308), llamado el “Doctor Sutil” por sus escritos dedicados a exaltar la purísima concepción de la Virgen María. En la Biblioteca del Colegio de Guadalupe se encuentran obras suyas que exhortan a los franciscanos a alcanzar la perfección cristiana. Ello es un testimonio de la importancia de algunos autores en la formación de los misioneros.

Este espacio servía originalmente como vestíbulo del aula contigua y de la tribuna chica. Después de 1859, debido al reducido número de frailes que moraban en el Colegio, la clase de filosofía se comenzó a impartir en este mismo salón. Después, a finales del siglo XIX y durante las dos primeras décadas del siglo XX, se instaló una improvisada botica que tenía una parte del botamen, que ahora se exhibe.

La sala del Camino Real de Tierra Adentro tiene en exhibición ocho medios de transporte de los siglos XVIII al XX. A partir de estos objetos el visitante observa cómo el descubrimiento de las minas de plata en Zacatecas resultó una formidable motivación para que los españoles se adentraran en el norte de Nueva España.  En tal expansión resultó esencial el Camino Real de Tierra Adentro, que partió de la Ciudad de México hasta Santa Fe, Nuevo México en Estados Unidos. El Colegio de Propaganda Fide fue producto del financiamiento de estos portentosos mineros tales como Ignacio Rivera de Bernárdez o  Francisco Xavier Aristorena y Lanz. 

Un papel protagónico lo tuvieron los franciscanos del Colegio Apostólico de Propaganda Fide de Guadalupe, Zacatecas, ya que de ahí partieron numerosos grupos de frailes que establecieron misiones en el norte de México y actual sur de Estados Unidos, a lo largo del Camino Real. Durante sus largas travesías realizaban bautizos masivos y enseñaban el evangelio a los habitantes del lugar. Esta labor no fue fácil por lo que en varias ocasiones fracasaron y fueron martirizados; no obstante, su empeño los llevó hasta las regiones más lejanas del Virreinato como Texas y Nuevo México.

En 1521 inició el lento proceso de colonización y cristianización del archipiélago de Filipinas, nombrado así en honor del rey español Felipe II cuando España conquistó y colonizó aquella región asiática. Filipinas mantuvo un estrecho intercambio comercial con la Nueva España mediante los viajes del galeón que zarpaba del puerto de Acapulco al puerto de Manila.

Siguiendo este tránsito, en 1596 el navío español llamado de San Felipe que iba de Manila, Filipinas a Acapulco naufragó en las costas de Japón. Al ser capturado el capitán de la embarcación Francisco de Landa, fue llevado ante el emperador Tagcosama, declarando que los misioneros franciscanos y jesuitas servían de avanzada para facilitar la labor de invasión del ejército español. Tal fue la reacción del gobernante, que mandó a su shogun Toyotomi Hideyoshi (capitán general para combatir a los bárbaros), apresar a tres jesuitas, seis franciscanos y 17 cristianos japoneses los cuales fueron trasladados por varias poblaciones durante el invierno a lo largo de 800 kilómetros, torturados al cortarles una oreja como símbolo de humillación, con el fin de mostrar a los habitantes el castigo otorgado a los cristianos conversos. Finalmente fueron amarrados a una cruz y traspasados con dos lanzas cruzadas, en Nagasaki en 1597; y canonizados los 26 presos conocidos como los "mártires del Japón", en 1862.